El Departamento de Climatología e Investigaciones Aplicadas tiene como funciones el planeamiento, coordinación, supervisión y desarrollo de proyectos, investigaciones y estudios técnico-científicos de interés para el país. Se realizan investigaciones en clima, variabilidad climática, extremos climáticos, agrometeorología y cambio climático. Como parte de sus competencias se realiza la Comunicación Nacional de Cambio Climático que incluye el inventario nacional de emisiones de gases de efecto invernadero, los estudios de vulnerabilidad y adaptación a la variabilidad y cambio climático así como la recopilación de la información de las diferentes opciones de mitigación al mismo. Por otra parte, se trabaja en las áreas de educación y sensibilización del público al tema así como en lo referente a transferencia de tecnología y financiamiento.